Ústav asijských studií se člení do sedmi oddělení historicky svázaných s výukou a výzkumem v jednotlivých specializacích (dříve oborech) asijských studií. Za každé oddělení zodpovídají jejich vedoucí (Martin Hříbek – indologie, Michaela Budiman – indonésistika, Petra Kanasugi – japanologie, Miriam Löwensteinová – koreanistika, Veronika Zikmundová – mongolistika, Daniel Berounský – tibetanistika, Marta Lopatková – vietnamistika). Vedoucí oddělení jsou součástí vedení Ústavu asijských studií v čele s ředitelem ústavu (Martin Tirala) a jeho zástupkyni (Veronika Zikmundová) a tajemnicí (Jolana Blažíčková).